主要机构:朱元璋废宰相一职，仿宋殿阁制设内阁。明朝在中央设置六部、五寺、特务机构内行厂、三公、诸司、外三监、内十二监 。六部:明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。监察机构:在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。六科:明朝开始只设了给事中。到洪武二十四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度基本是继承了唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。而该制度也发挥了一定的改善朝政作用。五寺:五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾。内阁:在废除丞相制度后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅制度来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十七年后被废。之后朱元璋请来几位翰林学士帮忙辅佐，这些翰林学士的官职被命为“XX大学士”。这也就是所谓的内阁机构。特务机构:参见：锦衣卫、东厂和西厂明朝实行严密的特务政治。主要的特务机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。 锦衣卫设立于洪武十五年，直接听命于皇上，可以逮捕任何人，并进行不公开的审讯。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。东厂成立于永乐十八年，是明成祖为了镇压政治上的反对力量而成立。地点位于京师东安门北。东厂的主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。东厂在设立之初，就由宦官担任提督，后来通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。 内厂设置于武宗时期，首领为宦官刘谨，刘谨伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。三公:包括太师、太傅、太保。这些官职都是虚弦。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院。太医院附属有生药库和惠民药局。而翰林院远较太医院重要。翰林院首长则是翰林学士。诸司:指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公文，公告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣。外三监:包括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观测星象。国子监是教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，典籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管皇帝的御花园，畜牧场与菜圃。内十二监:为宦官衙门。事实上只有在这些衙门工作的宦官才是太监。包括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切宦官礼仪刑名。而秉笔太监在宦官极端专权时竟代替皇帝批公文。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚食、尚寝、尚功等），每个局下设四个司。